Joel et Ellie se sont installés dans les quartiers de Tommy, qui vivent dans une paix toute relative au sein de leur communauté. La paix est très relative car les survivants font face à des menaces récurrentes des infectés, ainsi que d'autres survivants qui leur sont hostiles.
Quand un évènement tragique dérange la tranquillité de sa vie, Ellie s'engage dans un long voyage, à la recherche d'une vengeance. En effet, elle cherche à rendre justice contre une secte mystérieuse et dangereuse, nommée les Séraphites. Alors qu'elle pourchasse un par un les responsables, elle doit affronter les répercussions physiques et émotionnelles de ses actions[1] Ellie est animée par la haine constamment, ce qui sera le thème majeur de l'histoire, même si elle s'est prise d'amitié avec Dina et Jesse.
En février 2014, le directeur Neil Druckmann indique qu'il est possible qu'une suite du jeu avait à peu près 50% de chances d'aboutir, tout en sachant que son équipe devait développer une histoire « vraiment intéressante, qui n'en pas en train de se répèter ». En juillet 2014, la responsable de la communauté Arne Meyer confirme que l'idée de ne pas développer une suite de The Last of Us « désservirait » aussi bien à Naughty Dog qu'aux fans du jeu.
En décembre 2014, le desginer Michael Knowland, qui avait travaillé avec Naughty Dog sur le premier jeu, met à jour sa page LinkedIn pour y inclure un The Last of Us 2, projet pour lequel il se qualifiait de « designer en chef des personnages », qui travaillait notamment à la réalisation des têtes des personnages. L'information étant encore confidentielle à ce moment, Knowland a rapidement effacé la mention du jeu sur son LinkedIn.
Lors de la MetroCon en juin 2015, Nolan North, qui incarne David dans le premier jeu, est interrogé sur sa possible implication sur un projet en collaboration avec Naughty Dog dans un futur proche. Il indique que le jeu Uncharted 4est à ce jour le dernier projet sur lequel il a travaillé, surtout que son personnage n'est pas amené à revenir dans The Last of Us 2 après les évènements du premier jeu. Neil Druckmann répond ensuite aux commentaires de Nolan North, en indiquant qu'une petite équipe à Naughty Dog avait plusieurs idées en tête et préparé des prototypes pour une suite du premier jeu, mais que les travaux ont été en grande partie interrompus par le développement d'Uncharted 4.
Le 3 décembre 2016, lors de l'événement annuel de Sony, "PlayStation Experience" (PSX), Naughty Dog a clôturé l'événement en annonçant officiellement la suite de The Last of Usgrâce à une bande-annonce révélatrice. Ellie a été confirmé comme étant le personnage principal jouable, mais un peu différent que Joel dans l'original. Troy Baker et Ashley Johnson ont également été confirmés pour reprendre leurs rôles respectifs de Joel et Ellie, tandis que Neil Druckmann écrit le script. Aucune date de sortie n'a été annoncée tout en précisant que le jeu était en phase précoce de développement par Shawn Layden. Neil Druckmann a également fait remarquer qu'il s'agissait du "jeu le plus ambitieux de Naughty Dog à ce jour".
À la Paris Games Week, le 30 octobre 2017, Naughty Dog a dévoilé une autre bande-annonce représentant de nouveaux survivants, à savoir : Lev, Yara, Emily et une femme sans nom. Neil Druckmann a fait remarquer que ces nouveaux personnages feront partie intégrante du voyage de Joel et Ellie dans le jeu. Pour créer le physique de la femme sans nom, il ont utilisé un double body-builder.
Le 11 juin 2018, Naughty Dog a présenté du contenu inédit durant la conférence de Sony. Gustavo Santaolalla a joué le thème musical du jeu pour le public et Shawn Layden a présenté une démonstration de gameplay du nouvel opus. On a pu y voir de nouveaux combats au corps-à-corps, de la mécanique furtive, le moteur graphisme du jeu et également certains endroits où le joueur ira, en incarnant Ellie, âgée de 19 ans. Durant la conférence, de nouveaux personnages ont été dévoilés, comme Dina, la petite-amie d'Ellie ou encore Jesse, un membre de la communauté de Tommy, qui les regarde danser.
Le 20 septembre 2019, pour teaser la prochaine vidéo, Naughty Dog a commencé à publier de courtes vidéos sur Twitter mettant en avant certains objets du jeu. Au total, 4 vidéos de 19 secondes chacune ont été postées chaque jour avant l'événement du 24 septembre.
Lors de la diffusion du State of Play, Naughty Dog a dévoilé une bande-annonce de trois minutes révélant la date de sortie du jeu le 21 février 2020. La bande-annonce comprenait plus de détails concernant l'intrigue et le gameplay du jeu, notamment différents environnements et lieux, dont du combat, des chiens et des versions évoluées des Infectés. La présence de Joel a été confirmée, qui rejoindrait Ellie lors de son voyage et que Jeffrey Pierce reprendrait également son rôle de Tommy.
Après plusieurs reports, le jeu devait sortir le 29 mai 2020, mais Naughty Dog a annoncé le 4 avril 2020 que, bien que The Last of Us Part II soit terminé, ils ne pouvaient pas expédier de copies physiques en raison de l'épidémie de coronavirus en cours. La date de sortie a ainsi été reportée au 19 juin 2020. Une nouvelle bande-annonce a cependant été publiée, retraçant l'histoire d'Ellie et Joel, avec de nouvelles images de la partie II. Naughty Dog a également dévoilé le 13 mai 2020 une vidéo des coulisses de la création du jeu, intitulé Inside The Last of Us Part II, qui serait la première d'une série de 4 épisodes.
Le 26 mai 2020, PlayStation a annoncé qu'un Gameplay serait montré à la State of Play 2020 le lendemain, entièrement consacré à The Last of Us Part II à quelques jours de sa sortie[19].
Le 27 mai, Neil Druckmann lui-même a dévoilé un peu plus du contenu à venir dans le jeu. On y trouve notamment un gameplayplus développé, qui inclut notamment la capacité d'Ellie à nager, à utiliser un bateau ainsi que prendre des cordes pour parcourir un terrain difficile. Y sont également révélés quelques détails supplémentaires de l'intrigue pour la guerre qui oppose les Séraphites au Front de Libération de Washington, également nommés Wolves en anglais. Une autre nouvelle séquence de gameplay est également montrée.
Neil Druckmann insiste, lors de cette présentation, que le Staff de Naughty Dog a souhaité rendre les régions que les joueurs peuvent explorer, comme des endroits grands, beaux et aussi authentiques que possible. Il indique également qu'une grande partie de l'histoire aura lieu près de Seattle et dans les environs. Les divers environnements du jeu vont également mener à différents moments de l'histoire, étant comme des annexes à l'histoire principale. Dans ces moments, le joueur n'aura pas à s'engager ou à trouver ces endroits pour progresser dans le jeu.
Le 10 juin 2020, une courte bande-annonce de trente secondes précède la sortie du jeu. On y voit à nouveau Ellie et sa volonté de vengeance, allant à Seattle à cheval et frappant trois personnages dans l'ombre, sans doute des membres des Séraphites. Elle assiste également à un incendie, et indique à nouveau qu'elle souhaite « les tuer tous ».
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